يتم اختيار المتقدمين لجائزة الشيخ خليفة للتميز من جميع قطاعات الاقتصاد على النحو التالي:
تُقدم هذه الجائزة إلى المنظمات التي تثبت الممارسات الجيدة والأداء على مدار السنوات الثلاث الماضية. الجائزة صالحة لمدة 3 سنوات فقط. يمكن للفائزين التقدم للفئة التالية (الذهبية) بعد عامين من الفوز بهذه الفئة. يجوز لغير الفائزين التقدم بعد عامين.